大部分慢性肾小球肾炎的发病机制是免疫介导炎症。另外,非免疫,非炎症机制在疾病发展过程中起着重要的作用。例如,健存肾单位长期处于血流高灌注、高滤过和高跨膜压的三高状态,久而久之会导致健存肾单位硬化。有极少数的慢性肾炎是由急性肾炎发展而来。
慢性肾小球肾炎的病理类型多样,常见的有系膜增生性肾小球肾炎,系膜毛细血管性肾小球肾炎,膜性肾病,以及局灶节段性肾小球硬化等。